Fondé à Jérusalem après la première croisade, l'ordre des Templiers s'installe à Paris vers 1140. Après la perte des lieux saints, le Grand Maître vient s'établir, sur de vastes terrains dans l'actuel Marais, dans un enclos fortifié.  Le roi décide leur perte et, le 18 mars 1314, le Grand Maître Jacques de Molay est brûlé vif. Les commanderies du Temple sont confiées à l'ordre de Malte, dont l'église Sainte-Élisabeth est aujourd'hui l'église conventuelle à Paris..

Le donjon du Temple est également célèbre pour avoir fait office de prison pour Louis XVI et sa famille à partir du 13 août 1792. Avant de monter à l'échaffaud, le 21 janvier 1793, Louix XVI put faire ses adieux à sa famille. Un tableau dans l'église représente ces instants émouvants.

Le fils du roi, Louis-Charles, est mort à dix ans dans la même tour du Temple le 8 juin 1795, dans l'oubli et la détresse.  On a longtemps évoqué l'hypothèse selon laquelle l'enfant du Temple n'aurait pas été Louis XVII. Les analyses ADN pratiquées en 2000 sur son cœur, désormais conservé à la basilique Saint-Denis, montrent qu'il était bien apparenté à Marie-Antoinette.